药物在疾病的治疗或减轻身体的不适，往往是必要，而且是有效的。可是，必需牢记，所有的药物都有副作用，眼睛也不例外。许多眼疾不须口服药物，而只需局部滴眼药水即可达到治疗目的，如结膜炎、角膜炎、虹膜炎、青光眼的治疗即是。滴眼药时，只有少量的药物进入身体，所以大大降低了全身副作用。某些眼药水的副作用是局部的（如常期用某类因醇眼药，可能造成白内障或青光眼）；而某些眼药水（如治疗青光眼之Beta阻断剂）却也可能引起全身的副作用，如气喘、心脏病发、精神异常等等。因此，滴眼药水的次数及滴眼药水的时间都须遵照医师的指示。